继医学专门研究院设立之后，2008年3月，全国第一所韩医学专门研究院将在一所地方国立大学开校。目前11所私立大学设有韩医科大学，但在国立大学还没有设置。政府当初推进了在国立大学学院设置韩医学系，但后来改为设置专门研究院。
教育人力资源部和保健福利部30日表示：“为了韩医学的科学化和产业化，决定在国立大学设置研究开发（R＆D）中心的韩医学专门研究院。”
政府计划以设有医科大学的地方国立大学为对象，受理申请，在今年下半年最终选定一所大学。据悉，目前有全南大学、昌原大学、安东大学等大学加入了申办竞争。首尔大学因学校方面的反对而被排除在外。
韩医学专门研究院需要与现有医科大学构筑协诊体制。入学总定员数为50人，计划以4年制大学毕业生和韩医科大学、医科大学、牙科大学（院）的毕业生等为对象，在2007年下半年开始招生。韩医学专门研究院的入学志愿者需要在学院进修必要的先修科目，并经过韩医科教育入门考试后，进修为期4年的硕士课程。毕业生将获得韩医师执照考试的应试资格。
大韩医师协会表示：“政府不顾医师团体的意见，正在仓促推进将会加重保健医疗体系混乱的韩医学专门研究院设立计划。”以此表明了反对立场。而大韩韩医师协会则表示欢迎说：“随着韩医诊疗结构的体系化和临床研究得到强化，将打下传统医学——韩医学能够飞越发展的基础。”
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